R -合并步骤中的单链接聚类

Question

所以我想实现一个单链接聚类算法，我知道有很多包的模板函数做单链接聚类像hclust，但我想实现这个算法自己使用for循环。

困难的部分是，我真的不知道如何更新矩阵后，我已经找到了一个簇对。假设矩阵在两点之间的最小值为1和";B"我们有一个5x5矩阵。现在，我是否需要创建一个新的列并删除这两个列，因为我现在有了一个新的聚类点V?

新的距离矩阵是如何实现的呢?我需要计算到簇v的新距离，我在理解上有问题。我希望能看到一个例子。也许你们能帮上忙。

我的矩阵:

A B C D E

0 1 2 5 4

1 0 6 2 2

2 0 0 8 2

5 2 8 0 4

4 2 2 4 0

Answer 1

一维欧几里德距离。

Single Linkage取两个聚类中所有点对的欧几里得最小值。

dist(Va, C) = 2
dist(vb, C) = 6
dist(V,C) = min(2,6) =2
dist(Va, D) = 5
dist(vb, D) = 2
dist(V,C) = min(2,5) =2
dist(Va, E) = 4
dist(vb, E) = 2
dist(V,C) = min(2,4) =2

新的距离矩阵看起来像:

V C D E
0 2 2 2 
2 0 8 2
2 8 0 4
2 2 4 0

现在你可以自由地用C, D, E来聚簇V，因为这三个聚簇的距离相同。