Nextflow -无法访问publishDir中的变量

Question

我有一个包含两个进程的管道。我想传递第二个进程使用的第一个进程的结果文件，并将输出文件保存在每个文件的单独目录中:

process one {
.
.
output:
file "split.*.json" into groups
.
.
}
process two {
.
.
publishDir params.output_path + "/exec_logs/train/${split.baseName}", mode: 'copy'

input:
set split from groups.flatten()
output:
file ".command.out"
file ".command.err"
.
.
"""
echo $split
"""
}

当我尝试运行管道时，我得到以下错误:publishDir ...行中的No such variable: split，但我可以访问运行部分中的split变量。

我如何获得访问在publishDir分裂变量?

感谢

Answer 1

我认为问题实际上是字符串连接。尝试提供单个GString:

publishDir "${params.output_path}/exec_logs/train/${split.baseName}", mode: 'copy'

对于上面的例子，还要确保使用path限定符提供'split'变量:

input:
path split from groups.flatten()