r语言 - SPIAT 封装 define_celltypes(formatted_image， 表型 = c( "panCK+" ， "CD8+" ， ： 找不到函数"define_celltyp

Question

我使用SPIAT包(https://cancer-evolution.github.io/SPIAT/articles/introduction.html)分析人体组织样本中肿瘤和免疫细胞的空间分布模式。这个包真的很有用，但是在包提供的一个功能中，我得到了一条错误消息："；定义细胞类型(formatted_image，表型=c("panCK+"，"CD8+"，：找不到函数"；define_celltypes"；。

我尝试使用所谓的define_celltypes函数来指定每个Phenotype，该函数可用于添加指示细胞类型的列。默认情况下，该列称为Cell.Type。表型和Cell.Type之间的区别在于表型代表细胞上存在的所有标记，而Cell.Type代表细胞的身份。

这是代码和带有txt.file的R文件。https://drive.google.com/drive/folders/1lX9Sprd3IDxz08AcJnZ7WT4UE96MWZCC?usp=sharing

非常需要你的帮助！非常感谢。

> phenotypes = c("panCK+", "CD8+", "FoxP3+", "CD163+", "PD_L1+") 
> names = c("Tumour", "TILs", "Tregs", "Macrophages", "PD-L1+ cells")
> #SPIAT define_celltypes can be used to add a column indicating the cell type. 
> #By default the column is called Cell.Type. The difference between Phenotype and Cell.
> #Type is that phenotype represents all the markers present on the cell but Cell.Type is the identity of the cell.
> formatted_image <- define_celltypes(formatted_image, 
+                                     phenotypes = c("panCK+", "CD8+", "FoxP3+", "CD163+", "PD_L1+"), 
+                                     names = c("Tumour", "TILs", "Tregs", "Macrophages", "PD-L1+ cells"), 
+                                     column.name = "Cell.Type")
Error in define_celltypes(formatted_image, phenotypes = c("panCK+", "CD8+",  : 
could not find function "define_celltypes"```

Answer 1

感谢您提出此问题。我们的小插曲版本似乎领先于软件包本身，这意味着define_celltypes还不可用。

然而，我们已经向Bioconductor提交了新版SPIAT(0.99.0(。它将很快被纳入Bioconductor开发部门。当新版本和新功能可用时，我们将更新答案。

谢谢！