我正在研究使用bioython来处理PDB文件，但在我看来，CONECT记录没有得到处理。例如，我想用它从PDB结构中提取配体，我正在编写原子(HETATM)，但相应的CONECT记录丢失了。有没有办法包括这些？
https://github.com/biopython/biopython/issues/3468:
功能请求：支持CONECT记录#3468打开zacharyrs于1月15日公开了这一期。4条评论打开功能请求：支持CONECT记录#3468zacharyrs于1月15日公开了这一期。4条评论评论@zacharyrszacharyrs评论1月15日
大家好，
与其说这是一个功能请求，不如说这是衡量兴趣的一个查询。
我注意到在BioJava中，PDBParser中内置了对CONECT记录的支持(请参阅此处)。相比之下，BioPython缺乏这一点，唯一相关的问题就在这里。
我只是好奇是否有人对我使用类似于BioJava的实现感兴趣，或者这是我应该独立处理的事情？
干杯！@若昂·罗德里格斯成员JoaoRodrigues评论1月15日
你好@zacharyrs
感谢您打开本期。CONECT记录是PDB特有的功能，与较新的(现在是标准的)mmCIF格式没有对应关系。也就是说，如果你愿意的话，我不认为有人反对将它们添加到当前的解析器中！顺便说一句，Biojava解析的CONECT记录格式也不是标准的。原始格式规范中没有用于绑定类型的字段。@zacharyrs著者zacharyrs评论1月17日•
因此，我已经阅读了BioJava CONECT记录处理的源代码，以及它如何使用bonds列表处理mmCIF。我正在考虑在结构上实现一个连接实例属性，并且只根据PDB规范读取/写入CONECTs(没有绑定类型信息)。
其中最大的障碍是复制方法——如果你复制结构，你应该保留CONECTs，但对于链、残基或原子，我认为你会失去它，尽管我认为这与BioJava类似。旧方法思想。。。
经过第二天的思考和实施尝试，我意识到了上述(隐藏的)方法的一些问题。
我目前的方法(在zacharyrs:biopython/feature/conect_record_support)实现了一个conect对象，它采用两个原子序列号和键顺序。
解析时，对于每个记录，我遍历绑定的原子，并在结构的connects-list属性下创建单独的Conect实例。对于共享先前记录原子序列号的记录，我只增加键顺序。在写作时，我构建了一个临时字典，如图所示，然后根据顺序循环并重复记录。
{
atom_a_serial: {
bond_order: [atom_b_serial]
}
}
这可以读取然后写入PDB，同时保留CONECTS，但如果修改结构，它就不会起作用，因为连接和实际原子之间没有联系。我可以将键存储在实际原子上，类似于BioJava下的mmCIF，但这可能会给那些不需要CONECT记录的人增加很多膨胀。。。@若昂·罗德里格斯成员JoaoRodrigues对3月22日发表评论
你好@zacharyrs
很抱歉错过了此后续活动。正确执行CONECT语句是很困难的，因为你需要跟踪谁与谁有联系。最简单的方法是添加一个由原子索引对组成的字典，但如果删除或添加原子，则可能会破坏这些信息。同样，mmCIF文件没有等效的CONECT语句。
你可以，尽管我不确定我个人有多喜欢这种方法，只要有一个"；债券"；attribute per atom，用于存储对其绑定的原子对象的引用。这样，您就不必担心索引问题，但在删除原子时，您必须有一种方法来清理这些列表，否则会留下引用，垃圾清理器对此不会满意。@zacharyrs著者zacharyrs评论3月22日
嗨@JoaoRodrigues-不用担心，我也很忙！
事实上，我最终转移到了mmtf文件，因为它们包含债券信息，所以我的脑海中有点忘记了这一点。我实现了一个自定义解析器，它可以保留所有信息，并且可以很容易地序列化和取消序列化，但现在这是一个封闭的源代码项目。
对于mmCIF/PDB方法，原子上的bonds/conects属性似乎是处理它的唯一可行方法。这基本上是我在解析器中为mmtf文件所做的。我有一个Bond实例，它存储键顺序和原子引用，类似于上面描述/实现的Conect实例。Bond类上有一个助手，可以从两个原子中删除它，然后我可以根据需要调用它。