如何正确指定所有可用的gpu在一个单一的工作站机器与snakemake?

Question

假设我有36个作业，我想在我的工作站上使用2个gpu

遵循本教程，在运行rule a

时，以下配置不同时使用2个gpu

rule a:
output:
"test.txt"
resources:
nvidia_gpu=2
shell:
"somecommand ..."

添加--set-resource-scopes gpus=global也不会改变行为

有人能给一个例子，如何启用使用多个gpu在同一台机器上运行时，蛇形?

Answer 1

答案将取决于您如何告诉somecommand使用两个gpu。snakemaker将有效地限制同时运行rule a实例的数量。如果指定--resources nvidia_gpu=2，则每次只运行一个rule a作业;其他没有gpu要求的工作仍然符合条件。然后由您来告诉某个命令有两个gpu要使用。资源作用域的使用在这里并不真正适用，因为您在工作站上运行所有内容。

考虑更新为:

• 关于某个命令的更多信息
• 如何调用snakemake
• 运行规则时"不同时使用2个gpu"是什么?的意思吗?没有GPU使用，规则a的多个实例，等等