有没有一种方法可以为各个Snakemaker规则分配自己的作业脚本

Question

假设我在同一工作流中有两个Snakemake规则，具有不同的环境/内存要求。在Snakemake之外，我会向集群提交两个不同的作业，根据作业的需要指定不同的选项。有没有办法为不同的规则指定不同的作业脚本，以在Snakemakepipeline中复制这一点？

Answer 1

空字符串可以用于为不同规则打开和关闭的选项。

rule one:
params:
pe=""
rule two:
params:
pe="-pe sharedmem 4"

在命令行：

snakemake --cluster "qsub {params.pe}"