当使用R或python在jupyter实验室笔记本电脑中编写程序时，我将特定的conda环境安装为内核，以从基本conda环境中的单个jupyter实验室安装访问该环境特定的包
在完成笔记本电脑的开发后，我想把它插入我的snakemake文件中，以确保以后的再现性。当然，我用相应的conda-environment.yaml文件来完成这项工作，这样就可以提供所有需要的包/库。
现在问题来了：引用笔记本的规则在另一台机器/环境上是不可复制的，因为它试图访问/运行特定于我的开发环境的内核
有人能解决这个特殊问题吗？
编辑：导致我的问题的更详细步骤
- 为特定工具或任务设置conda环境(matplotlib _env((此处：matplotlab(
conda create -n matplotlib_env python=3.8 ipykernel matplotlib nbconvert
- 我创建了一个ipython内核，这样我的jupyter实验室实例从基本环境可以访问conda环境和相应的包(matplotlib(
python -m ipykernel install --user --name matplotlib_env --display-name "Python_maplotlib"
- 我创建了一个简短的笔记本(1(，它使用步骤2中配置的内核(Pyhton_matplotlib 2(
import matplotlib.pyplot as plt
plt.plot([1,2,3],[1,4,9])
plt.savefig('exp.png')
- 完成任务后，出于管理和再现性的原因，我想将其插入到我的蛇制造工作流程中。为此，我定义了一个规则，分别使用笔记本和conda-environment.yaml文件(通过：
conda env export > matplotlib_env.yaml自动生成(
rule make_plot:
output:
"exp.png"
conda:
"matplotlib_env.yaml"
notebook:
"make_plot.ipynb"
- 只要原始conda环境(带有配置的内核(仍然存在，执行规则就可以正常工作。一旦我删除了原始的conda环境(也可以从kernelspec列表中删除内核(，我就会收到一条错误消息，因为再也找不到内核了，而且snakemakegenerated的conda环境不拥有笔记本正在寻找的内核
snakemake -p --cores 1 --use-conda make_plot
删除原始环境后的错误消息
[NbConvertApp] ERROR | Failed to run command:
...
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/miniconda3/envs/matplotlib_env/bin/python'
从内核列表中删除内核后出现错误消息
...
raise NoSuchKernel(kernel_name)
jupyter_client.kernelspec.NoSuchKernel: No such kernel named matplotlib_env
我找到了一个解决方法：在保存笔记本之前，最后一次将内核切换到基本环境中的默认python或R内核。它们在安装后总是具有相同的默认名称(例如"Python 3"(。因此，当通过snakemake执行时，笔记本会查找默认的Python/R内核，并找到通过snakemake-use conda选项提供的新安装。
这不是最优雅的版本，但如果你需要/想将笔记本电脑插入你的工作流程，它就足够了。
最严格的是，一旦完成，将笔记本变成一个具有明确定义的输入和输出的脚本。然后通过相应的规则将该脚本插入到snake文件中，而不是笔记本。