r——不同维度的两个矩阵之间的相关性

Question

我对R很陌生。我有两个不同维度的矩阵，C(3行79列(和T(3行215列(。我希望我的代码计算C的第一列和T的所有列之间的Spearman相关性，并返回与索引和列的最大相关性。然后是C的第二列和T的所有列，依此类推。事实上，我想找到两个矩阵之间最相关的列。希望一切都清楚。我所做的是一个嵌套的for循环，但结果不是我搜索的。

for (i in 1:79){
for(j in 1:215){
print(max(cor(C[,i],T[,j],method = c("spearman"))))
}
}

Answer 1

您不必在列上循环。

x <- cor(C,T,method = c("spearman"))
out <- data.frame(MaxCorr = apply(x,1,max), T_ColIndex=apply(x,1,which.max),C_ColIndex=1:nrow(x))
head(out)

给予，

MaxCorr T_ColIndex C_ColIndex
1       1          8          1
2       1          1          2
3       1          2          3
4       1          1          4
5       1         11          5
6       1          4          6

伪造数据：

C <- matrix(rnorm(3*79),nrow=3)
T <- matrix(rnorm(3*215),nrow=3)

Answer 2

也许下面的函数可以解决这个问题。

pairwise_cor <- function(x, y, method = "spearman"){
ix <- seq_len(ncol(x))
iy <- seq_len(ncol(y))
t(sapply(ix, function(i){
m <- sapply(iy, function(j) cor(x[,i], y[,j], method = method))
setNames(c(i, which.max(m), max(m)), c("col_x", "col_y", "max"))
}))
}
set.seed(2021)
C <- matrix(rnorm(3*5), nrow=3)
T <- matrix(rnorm(3*7), nrow=3)
pairwise_cor(C, T)
#     col_x col_y max
#[1,]     1     1 1.0
#[2,]     2     2 1.0
#[3,]     3     2 1.0
#[4,]     4     3 0.5
#[5,]     5     5 1.0