如何构建Jupyter Notebook页面以访问远程分子动力学结果?



我想知道是否有可能,以及如何,远程托管一个Jupyter Notebook页面(而不是在我的机器上),合作者可以在他们的web浏览器中加载查看结果?没有共享的机器,所有的文件都需要在一个中心位置,例如,托管在Google Drive上,并且Jupyter Notebook页面也必须是基于URL的可访问性。

首先,我使用gromac执行了MD模拟,并且文件目前在我的机器上。然后在我的机器上加载Jupyter Notebook,导入MDAnalysis Python包并执行一些依赖于gromac生成的轨迹文件(.trr/.xtc/.pdb)的分析。我还使用NGLViewer包含了一些简短的模拟轨迹,这样我就可以观察模拟的各个部分。

我面临的问题是,我希望我的合作者看到/与分析工作交互,并使用NGLViewer观察模拟。

这里涉及到一些挑战:

(1)我如何/在哪里远程托管Jupyter Notebook,以便我的合作者可以在浏览器窗口中查看进度?我不期望他们编辑或运行代码,只是观察和复制文本和下载图表。这是为了避免我打包(例如,作为某种类型的降价文档)增量版本的分析,并通过电子邮件发送给他们。

(2)在这个远程Jupyter Notebook页面中,分析代码(用Python编写并使用MDAnalysis包)需要什么来加载远程存储在例如Google Drive上的数据文件?

(3)与(2)类似,NGLViewer是否可以加载远程文件,例如存储在Google Drive上,并在站点上显示轨迹供合作者观察?

虽然我的问题与MDAnalysis, NGLViewer等python包和第三方应用程序(Gromacs)的结果有关,但我正在寻找一种新的方式,将多个项目的结果分享给不同国家的团队,以及我自己的团队,我目前无法亲自见面。

您可以创建一个Google Drive文件夹并将数据添加到其中。然后与所有需要访问这些数据的同事共享这些数据。

最后,创建一个Google Colab笔记本并在那里添加代码。您可以选择允许人们编辑和运行笔记本,或者只允许他们查看结果。如果你只给他们阅读权限,他们将不得不从笔记本中保存一份副本到他们自己的谷歌驱动器中,以便允许编辑笔记本。

这些选项都可以在Colab的菜单栏中找到。

你可以连接你的谷歌驱动器文件夹Colab如下:

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

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