pilon错误，文件. BAM必须索引为BAM

Question

我有一个错误这样做:

Flye组装完成后，我获得了文件assembly_DG_1.fasta

我使用的:

bwa index assembly_DG_1.fasta 
bwa mem -pt16 assembly_DG_1.fasta DG_1_R1_001_val_1.fq.gz DG_1_R2_001_val_2.fq.gz | samtools sort -m4G -@4 -o align.bam -

之后我使用了pilon:

pilon --genome flye_corrected_DG_1/assembly_DG_1.fasta --bam align.bam

错误:对齐。bam必须被索引bam

Answer 1

Using:

samtools index -bc align.bam

和

pilon --genome flye_corrected_DG_1/assembly_DG_1.fasta --bam align.bam

解决了问题。