如何用python从gromacs轨迹中提取不同时间的快照?

Question

我已经用gromac执行了md模拟，现在我想通过这个命令gmx trjconv -f traj从轨迹中提取pdb文件。XTC -s轨道。TPR -o文件。PDB dump 100通过这个命令，我可以以100 p秒的速度获得pdb，但是我需要1000个快照，所以下一次将使用-dump 110，所以每次都会在这个数字上加10。我怎样才能用python自动完成呢?

gmx trjconv -f traj。XTC -s轨道。TPR - 0 100。PDB -dump 100

gmx trjconv -f traj。XTC -s轨道。TPR - 0 110。PDB -dump 110

gmx trjconv -f traj。XTC -s轨道。TPR - 0 120。PDB -dump 120

Answer 1

你可以试试

gmx trjconv -b 100 -dt 10 -f trajectory.{trr|xtc} -s trajectory.tpr

将这些帧提取到单独的轨迹中，然后使用-sep将所有帧提取为单独的文件。