PyMC3无法在MacOS Big Sur/PyCharm上执行

Question

我试图在MacOS Big Sur上的PyCharm中运行一些简单的PyMC3代码，但执行失败并引发以下错误：

Exception: ('Compilation failed (return status=1): ld: library not found for -lSystem. clang-10: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation). ', '[Elemwise{add,no_inplace}(TensorConstant{1.0}, TensorConstant{1.0})]')

我正在使用PyCharm 2020.3.2。我能够将pymc3(版本3.8(和theano(版本1.0.4(安装到环境中。我试图运行的代码如下：

import numpy as np
import scipy.stats as stats
import matplotlib.pyplot as plt
import pymc3 as pm
np.random.seed(123)
n_experiments = 4
theta_real = 0.35
data = stats.bernoulli.rvs(p=theta_real, size=n_experiments)
with pm.Model() as our_first_model:
theta = pm.Beta('theta', alpha=1, beta=1)
y = pm.Bernoulli('y', p=theta, observed=data)
start = pm.find_MAP()
step = pm.Metropolis()
trace = pm.sample(1000, step=step, start=start)
burnin = 100
chain = trace[burnin:]
pm.traceplot(chain, lines={'theta':theta_real});

我禁用了苹果系统完整性保护，因为有人猜测苹果隐藏/usr/include可能是问题的根源；这没什么区别。不知道如何解决这个问题。

Answer 1

从评论中的信息来看，你的蟒蛇似乎坏了。更新anaconda并重试。

如果这不起作用，请尝试在系统Python中安装PyMC3，而不是在Anaconda中安装。这将使用系统clang，而不是Anacondaclang。