我从Cytoscape开始，并试图重现教程"RNA-Seq数据网络分析";在Linux Debian上的Cytoscape版本3.9.1中使用示例数据集(E-GEOD-30573)。然而，节点通过折叠变化着色的步骤对我不起作用;按下"应用首选布局"后，节点仍然是灰色的。按钮。
此外，在导入带有差分表达式数据的表时，我没有"查询条件"选项;用于"网络"的关键栏。相反，我只有两个选择，"共享名";和"共享交互">
见附件截图"DE_genes_no_query_term.png">
此时，在工作区右下象限的节点表中，显示了表格文件的列，但它们是空的，这显然是节点保持灰色(没有数据)的原因。
见附件截图["DE_genes_after_table_import_columns_empty_nodes_grey.png"] (https://i.stack.imgur.com/GCe62.png)
有趣的是，当我第二次导入同一个表时，我可以看到"网络的关键列"的更多选项，包括我选择的"查询术语"。现在，来自导入文件的列被节点表中的数据填充。
对于折叠变化值的颜色缩放显示(在教程中没有提到)，我需要做的另一个步骤是调整橙红色的颜色范围(0-10或2-10对我来说这个数据集很好)。
这是我第一次接触Cytoscape，但是我是一个相当有经验的计算生物学家，所以我想知道这是我的安装或操作系统的问题，还是教程可能不完整?
非常感谢您的评论。
致以最诚挚的问候，Sophia
没有看到任何颜色的原因是您最初无法成功导入折叠更改数据。如果由于某种原因最初选择了边缘表而不是节点表，则可能会出现您所描述的症状。在导入表达式数据之前，请确保选中了Node Table，应该可以看到这些值。完成后，您应该能够设置DE值和节点颜色之间的映射。
——滑板车