我使用的是RobustRankAggreg R包的AggregateRanks函数。有人知道返回的分数(p值)是否已经更正了多次测试，或者我是否应该自己更正多次测试?该文件没有说明是否已经更正。
在阅读了RRA论文后，我认为返回的分数必须进行调整，因为以下部分:
作为p值的最小值，ρ分数本身不是p值。因此,它必须纠正来自多重假设检验的偏差
说到如何准确地应该这样做:
…我们可以对每个ρ值分别使用Bonferroni校正求相关p值的上界。为此我们必须将每个ρ值与输入列表的数量相乘。
然后:
校正后，我们可以决定a的排名是否特定基因有统计学意义。找到所有重要的基因，我们必须进一步纠正衍生(估计)的p值多个测试。这可以用标准方法完成。
所以我最终做的是:
ranks_result <- as.data.table(aggregateRanks(glist = glist))
ranks_result[,rra_score_adj:=rra_score*length(glist)]
ranks_result[,rra_score_adj:=p.adjust(rra_score_adj, method="BH")]
ranks_result[rra_score_adj<=0.05] # to see what is significant
您可以用您更喜欢的其他方法替换method="BH"。如果有人能在这里给出任何建议，我将很高兴!