获取一个带有周围模式上下文的随机字符串位置

Question

我正在寻找一个有效的python解决方案来解决以下问题。我有一个DNA序列，想在字符串中选择一个随机位置，满足某个三元组模式的中间位置。例如，如果DNA串是"；ACTGTGACTACTGGGGG"；，三元组是"；ACT"；，我想随机返回位置1、7、10中的一个。

Answer 1

您可以使用re.finditer查找子字符串匹配的所有索引，然后使用random.choice选择其中一个索引。

>>> import re
>>> import random
>>> s = 'ACTGTGACTACTGGGGG'
>>> f = 'ACT'
>>> indices = [m.start() for m in re.finditer(f, s)]
>>> random.choice(indices)
0
>>> random.choice(indices)
9

请注意，Python中的索引是基于0的，因此在您的示例中，有效的起始位置是0、6和9。