正在ITK-SNAP中加载已标记的imagess以进行渲染

Question

我正试图获得小脑的网状结构。问题是，mri体积的分辨率不够高，无法可靠地识别不同的子结构，所以我所做的是解析组织学染色载片的svg文件，并将其转换为填充的掩模，就像在mri体积的一个切片上使用多边形工具后所得到的那样。我这样做大约20片。

我可以在快照中加载一个标记的体积吗？其中每个体素都用对应于某个结构的id进行标记，并且每个结构都有自己的rgb颜色代码，有点像加载标签功能。当我将该体积加载到捕捉中时，将捕捉识别标记的体素，并允许我使用插值标签特征将这些标签插值到未标记的切片，然后进行导出网格。现在我做的是

import nibabel as nib
import numpy as np
d3 = fixed_3d.astype("int16")
d3[210,:,:][ind] = 1 # ind is the coords inside my structure
new_image = nib.Nifti1Image(d3, affine=np.eye(4))
nib.save(new_image, "vol.nii.gz")

fixed3d是我的图集卷，然后我在itk快照中加载它，还做了一个导入标签。我的标签文件看起来像

IDX-R-G-B-A-VIS-MSH标签

0     0    0    0  0.00    0    0    "Clear" 
1    48  126  110  1.00    1    1    "arb"

但是当我点击导出为表面网格时，我得到的消息是所选标签缺少网格

Answer 1

我认为您错过了将组织学幻灯片注册到MR图像的步骤。否则，您的工作流程看起来不错。