用下划线只替换表格文件中的空白(没有制表符，没有行尾)

Question

我只需要用下划线替换制表符分隔的文件中的空白(但要将制表和除法保留为行(。该文件由500万行和8列组成，这里以前两行为例：

Contig505_strand1_frame2_coord21-810    sp|Q06605|GRZ1_RAT Granzyme-like protein 1 OS=Rattus norvegicus PE=2 SV=1   32.245  245 153 6   5.15e-33    123
Contig505_strand1_frame2_coord21-810    sp|P36178|CTRB2_LITVA Chymotrypsin BII OS=Litopenaeus vannamei PE=1 SV=1    34.483  232 140 7   1.78e-32    122

现在我正在按顺序使用这些命令，但速度很慢。。。有更快的方法吗？

tr -s 't' ';' <inputfile.txt >file2.txt
tr -s '[:blank:]' '_' <file2.txt >file3.txt
tr -s ';' 't' <file3.txt >file4.txt

谢谢！

Answer 1

[:blank:]包括制表符，所以我认为如果你想用下划线替换一个或多个空格，这可能会更好：

sed -E 's/ +/_/g' inputfile.txt > file2.txt

sed(流编辑(命令搜索一个或多个空格，并用下划线替换它们。"g"表示全局，这意味着如果找到，请在一行上进行多次替换。默认操作是仅替换第一个引用。