根据R中数据帧内列表中的值创建新的列表/数据帧

Question

我有一个大数据帧df，它是通过对不同的数据帧进行单侧t检验获得的：

df <- structure(list(uniqueID = c("101030", "101060"), res = list(structure(list(
statistic = c(t = 19), parameter = c(df = 20), 
p.value = 0.00015, conf.int = structure(c(0.389, 
Inf), conf.level = 0.95), estimate = c(`mean of x` = 0.412), 
null.value = c(mean = 0.22), stderr = 0.01, 
alternative = "greater", method = "One Sample t-test", data.name = "mean"), class = "htest"), 
structure(list(statistic = c(t = 29), parameter = c(df = 20), 
p.value = 4.5e-05, conf.int = structure(c(0.569, 
Inf), conf.level = 0.95), estimate = c(`mean of x` = 0.600), 
null.value = c(mean = 0.22), stderr = 0.01, 
alternative = "greater", method = "One Sample t-test", 
data.name = "mean"), class = "htest"))), row.names = c(NA, 
-2L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

我想创建一个新的数据帧df_new，其中我基本上取uniqueID值以及p.value:

df_new <- data.frame(uniqueID = c(101030, '101060'), pval = c(0.00015, 4.5e-05))

我知道必须有一种方法来迭代这个数据帧。例如，我可以通过df[[2]][[i]]$p.value访问p.value，其中i是行号，但我不知道如何迭代每一行并将此输出保存到列表或新数据帧中。如有任何帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

如果我理解您的要求，您就有了一个列表，最简单的方法是使用apply函数进行迭代：

df_new  <- data.frame(
uniqueID = df$uniqueID,
pval = sapply(df$res, function(x) x[["p.value"]])
)

输出：

r$> df_new
uniqueID    pval
1   101030 1.5e-04
2   101060 4.5e-05

Answer 2

我们还可以将hoist列p.value向上嵌套一层：

library(tidyr)
library(dplyr)
hoist(df, .col = res, "p.value") %>%
select(uniqueID, p.value)
#> # A tibble: 2 × 2
#>   uniqueID  p.value
#>   <chr>       <dbl>
#> 1 101030   0.00015 
#> 2 101060   0.000045

Answer 3

另一种可能的解决方案：

library(tidyverse)
df %>% 
rowwise %>% 
mutate(pvalue = res %>% flatten %>% .["p.value"] %>% unlist, res = NULL)
#> # A tibble: 2 × 2
#> # Rowwise: 
#>   uniqueID   pvalue
#>   <chr>       <dbl>
#> 1 101030   0.00015 
#> 2 101060   0.000045

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或使用purrr:

map_dbl(df$res, ~ .x$p.value) %>% bind_cols(uniqueID = df[,1], pvalue=.)