r-如何为数据帧的特定列创建一行SD值

Question

我有一个160乘250000的数据帧。我想找到R中除第一列(249999列(外的所有列的SD。有可能这样做并添加一行SD值吗？这些是DNA甲基化的探针β值。

Answer 1

使用mtcars:

mt <- mtcars[1:5,]
rbind(mt, "Standard Deviation" = c(NA, sapply(mt[,-1], sd)))
#                    mpg cyl disp  hp drat   wt qsec   vs   am gear carb
# Mazda RX4           21 6.0  160 110 3.90 2.62 16.5 0.00 1.00 4.00  4.0
# Mazda RX4 Wag       21 6.0  160 110 3.90 2.88 17.0 0.00 1.00 4.00  4.0
# Datsun 710          23 4.0  108  93 3.85 2.32 18.6 1.00 1.00 4.00  1.0
# Hornet 4 Drive      21 6.0  258 110 3.08 3.21 19.4 1.00 0.00 3.00  1.0
# Hornet Sportabout   19 8.0  360 175 3.15 3.44 17.0 0.00 0.00 3.00  2.0
# Standard Deviation  NA 1.4  100  32 0.42 0.45  1.3 0.55 0.55 0.55  1.5

说明：

• sapply(mt[,-1], sd)在除第一个mt[,-1]之外的每一列上执行sd函数。因为这是CCD_ 5并且返回值都相同"；形状"；和类，这将返回一个向量
• c(NA, ..)是因为我们没有第一列的标准dev，但由于我们是行绑定的，所以我们需要与mt中的列数相同的长度
• rbind(mt, ..)是行绑定，也就是行连接。因为在本例中mtcars使用行名进行标识，所以我将stddev命名为"Standard Deviation"。这对于您的数据来说可能没有必要或不合适