python中出现意外的关键字参数

Question

我正在尝试运行python脚本来计算脂质相互作用。python脚本可从以下位置下载：https://pylipid.readthedocs.io/en/master/demo.html

当我运行脚本时，以下错误不断出现。

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类型错误：compute_residue_koff((获得了意外的关键字参数"fig_format">

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我在下面粘贴的脚本中用粗体突出显示了错误行。

以下是代码：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt 
from pylipid.api import LipidInteraction
from pylipid.util import check_dir

trajfile_list = ["input.xtc"]
topfile_list = ["input.gro"]  
dt_traj = None  
stride = 1   
lipid = "CHOL"   
lipid_atoms = None  
cutoffs = [0.5, 0.8] 
nprot = 1   
binding_site_size = 4  
n_top_poses = 3     
n_clusters = "auto"  
save_dir = None  
save_pose_format = "gro"  
save_pose_traj = True  

save_pose_traj_format = "xtc"  
timeunit = "us"  
resi_offset = 0  
radii = None  
pdb_file_to_map = None   

fig_format = "pdf"  
num_cpus = None  

#### calculate lipid interactions
li = LipidInteraction(trajfile_list, topfile_list=topfile_list, 
cutoffs=cutoffs, lipid=lipid, lipid_atoms=lipid_atoms, nprot=1, 
resi_offset=resi_offset, timeunit=timeunit, save_dir=save_dir, 
stride=stride, dt_traj=dt_traj)
li.collect_residue_contacts()
li.compute_residue_duration(residue_id=None)
li.compute_residue_occupancy(residue_id=None)
li.compute_residue_lipidcount(residue_id=None)
li.show_stats_per_traj(write_log=True, print_log=True)
li.compute_residue_koff(residue_id=None, plot_data=True, 
fig_close=True, fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus)
li.compute_binding_nodes(threshold=binding_site_size, 
print_data=False)
if len(li.node_list) == 0:

else:
li.compute_site_duration(binding_site_id=None)
li.compute_site_occupancy(binding_site_id=None)
li.compute_site_lipidcount(binding_site_id=None) 
li.compute_site_koff(binding_site_id=None, plot_data=True, 
fig_close=True, fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus) 
pose_traj, pose_rmsd_data = 
li.analyze_bound_poses(binding_site_id=None,pose_format=save_pose_format,                                               
n_top_poses=n_top_poses, n_clusters=n_clusters,
fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus)

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如有任何帮助，我们将不胜感激。

提前感谢！！！

Answer 1

我还安装了pylipid(1.5.0版本(，在运行演示代码时遇到了同样的问题。所以我检查了"；Pyripid"；包中的函数####计算脂质相互作用"；的演示代码没有参数"；图format；。也许删除"；fig_format=fig_format"在"####计算脂质相互作用"；可能会有所帮助。

Answer 2

pylipid源代码显示此参数是在1.5.10中添加的，因此您需要至少在该版本的上。