NextFlow:如果通道为空，如何失败(.ifEmpty())

Question

如果特定的channel为空，我希望我的NextFlow管道失败，因为按原样，管道将继续运行，就像没有任何问题一样，但取决于通道的进程永远不会启动。一篇相关文章的答案是，我们通常不应该检查channel是否为空，但我不知道该如何处理。

在下面的例子中，我遇到的问题是它总是失败，但如果我注释掉.ifEmpty()语句，就会调用该过程。

这里有一个基本的例子：

/*
* There are .cram files in this folder
*/
params.input_sample_folder = 'path/to/folder/*' 
samples = Channel.fromPath(params.input_sample_folder, checkIfExists: true)
.filter( ~/.*(.sam|.bam|.cram)/ )
.ifEmpty( exit 1,
"ERROR: Did not find any samples in ${params.input_sample_folder})
workflow{
PROCESS_SAMPLES( samples )
}

终极问题：

1. 我的猜测是channel不会立即填充。这是真的吗？如果是，它什么时候填充
2. 我应该如何处理这种情况？如果通道没有填充，我想失败。例如，我惊讶地发现，如果我只提供一个没有glob/通配符的文件夹路径(/path/to/folder/；没有*或*.cram等(，则通道仍然是空的。我认为我无法在进程本身中处理它，因为如果channel合法为空，则进程永远不会被调用

非常感谢您的帮助。

Answer 1

如果文件系统中不存在指定的文件，则设置checkIfExists: true实际上会为您抛出异常。诀窍是在创建通道时指定所需的文件，而不是在下游进行过滤。例如，您只需要：

params.input_sample_folder = 'path/to/folder'
samples = Channel.fromPath(
"${params.input_sample_folder}/*.{sam,bam,cram}",
checkIfExists: true,
)

或者可以说更好；因为这让用户可以完全控制输入文件：

params.input_sample_files = 'path/to/folder/*.{sam,bam,cram}'
samples = Channel.fromPath( params.input_sample_files, checkIfExists: true )

无论哪种方式，当不存在匹配的文件时，两者都会使您的管道失败，退出状态为1，并以红色显示以下消息：

No files match pattern `*.{sam,bam,cram}` at path: path/to/folder/

根据文档，ifEmpty操作符实际上只是用于在通道变空时发出默认值。为了避免检查通道是否为空，一般的解决方案是首先避免创建空通道。有很多方法可以做到这一点，但有一种方法可能看起来像：

import org.apache.log4j.Logger
nextflow.enable.dsl=2

def find_sample_files( input_dir ) {
def pattern = ~/.*(.sam|.bam|.cram)/
def results = []
input_dir.eachFileMatch(pattern) { item ->
results.add( item )
}
return results
}

params.input_sample_folder = 'path/to/folder'
workflow {
input_sample_folder = file( params.input_sample_folder )
input_sample_files = find_sample_files( input_sample_folder )
if ( !input_sample_files ) {
log.error("ERROR: Did not find any samples in ${params.input_sample_folder}")
System.exit(1)
}
sample_files = Channel.of( input_sample_files )
sample_files.view()
}