r语言 - PCA绘图- ggfortify和ggplot的区别是什么?

Question

我是PCA的新手。我用ggfortify和ggplot中的autoplot来绘制分数。两者都具有相同的形状，但在x轴和y轴上具有不同的值。如。autoplot在y轴上从-0.2到0.2,ggplot从-0.6到-0.6。图上的点看起来一模一样。只有坐标轴的值改变了。为什么呢?

编辑:我不能在这里给出完整的数据，因为它很长。我试了两个:

library(ggfortify)
pca.data <- prcomp(my_data)
autoplot(pca.data)

和

my_dataframe <- data.frame(Sample = rownames(pca.data$x),
X = pca.data$x[,1],
Y = pca.data$x[,2])
ggplot(data = my_dataframe, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
geom_point() +
xlab("PC1") +
ylab("PC2") +
ggtitle("PCA Graph")

Answer 1

根据插图，autoplot的缩放方式与biplot()函数相同。如果你不希望这样做，你可以使用:

autoplot(pca.data, scale=0)

，它(除了轴标签)给出与您使用的ggplot命令相同的内容。