为plink GWAS创建虚拟变量时出错?

Question

我目前正在提取表型/协变量数据，我需要运行GWAS。我还试图将"bank_centre位置"转换为虚拟变量。在尝试创建运行GWAS的数据文件时，我总是得到一个额外的"]"错误。在我的代码中有关虚拟变量，但是我不知道如何有一个额外的"]"在我的代码中

这是我输入的第一部分:

source scriptSettings.sh
Rscript - <<'END'
library(data.table)
d<-fread("phenos.txt")
message("create array dummy")
d[,array01:=as.numeric(as.numeric(f.22000.0.0)>1)]
message ("create bank_centre dummy")
d[,'bank1']<-0
d[,'bank2']<-0
d[,'bank3']<-0
d[which(d[,'f.54.2.0']==11025,'bank1']<-1
d[which(d[,'f.54.2.0']==11026,'bank2']<-1
d[which(d[,'f.54.2.0']==11027,'bank3']<-1

到目前为止，我得到的输出是:

create array dummy
create biobank_centre dummy
Error: unexpected ']' in "d[which(d[,'f.54.2.0']==11025,'bank1']"
Execution halted

如果我错过了一些非常明显的东西，请道歉-任何帮助都非常感谢

Answer 1

我认为which缺少一个)

。您可以尝试这样做:d[which(d[,'f.54.2.0']==11025),'bank1']<-1