使用Rmarkdown和custom.css文件制作蛇形报告

Question

下面是一个使用custom.css.

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title: "Test Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
params:
rmd: "report.Rmd"
output:
html_document:
css: "custom.css" 
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## R Markdown
This is an R Markdown document.
Test include from snakemake `r snakemake@input`.

这个特定的例子不起作用，因为Snakemake将.rmd文件移动到一个临时位置。

文件custom.css在资源路径中找不到
错误:pandoc文档转换失败，错误99

简单的解决方案是将custom.css移动到report.rmd渲染的位置，但是我们没有这个位置。此外，我们不能在标题上使用snakemake指令，因为它只在它之后可用。

有人有解决这个问题的办法吗?我能想到的唯一解决方案是给Snakemake打补丁，让它接受特定的头参数。

Answer 1

脚本文件的源目录报告为"scriptdir"也许你可以用它?

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title: "Test Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
params:
rmd: "report.Rmd"
output:
html_document:
css: "`r snakemake@scriptdir`/custom.css" 
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## R Markdown
This is an R Markdown document.
Test include from snakemake `r snakemake@input`.

Answer 2

我想你的语法可能是错误的。根据Rmarkdown Cookbook

output:
html_document:
css: "style.css"

更新你的yaml头，看看我们是否得到一个不同的错误，除了"文件自定义。css不在资源路径"现在我们修正了YAML格式

Answer 3

我想我找到了一个令人满意的解决这个问题的方法。因为，如前所述，snakemake对象在Rmarkdown文档的YAML头文件中不可用，所以我在后面为文档定义CSS。

在阅读了R Markdown Cookbook中的以下页面后，我找到了我的解决方案:应用自定义CSS，读取外部脚本到块中，以及在块选项中使用变量。

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title: "Test Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
params:
rmd: "report.Rmd"
output:
html_document
---
```{r, echo = FALSE}
css_file <- paste0(snakemake@scriptdir, "/style.css")
```
```{css, code=xfun::read_utf8(css_file), echo=FALSE}
``` 
## R Markdown
This is an R Markdown document.
Test include from snakemake `r snakemake@input`.

基本上，在第一个r代码块中，我访问了snakemake对象并获得了CSS文件的路径。在第二个css代码块中，我从这个文件路径读取外部CSS文件。

Answer 4

Snakemake对象是不可用的Rmd序言(见这里)。

我发现的解决方案是使用css块代替CSS参数:

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title: "Test Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
params:
rmd: "report.Rmd"
output:
html_document
---
```{css, echo=FALSE}
.Sidebar {
background-image: url('logo.png');
```
## R Markdown
This is an R Markdown document.
Test include from snakemake `r snakemake@input`.

虽然这在我的用例中工作得很好，但我认为在序言中有snakemake对象会很有帮助。