shell中的 Sed函数应用于目录中的所有.gff文件

Question

我正在使用.gff3文件，试图删除目录中许多文件底部的配置序列。配置序列用##FASTA与文件的其余部分分开，我希望删除下面的所有内容(DNA序列，FASTA格式)。

sed '/^##FASTA$/,$d' file1.gff > file1_altered.gff

但是当我尝试将它应用到目录中的所有文件时，我失败了，像这样:

for F in directory/input/*; do
N=$(basename $F) sed '/^##FASTA$/,$d' ${F} > directory/output/$N.gff
done

感谢任何帮助!

Answer 1

您在N=$(basename $F)后面缺少一个分号。它被写入的方式是它只是一次赋值，即N在重定向中使用时为空。

如果你使用shell的内置字符串处理，你可以完全避免使用basename:${F##*/}删除与*/匹配的最长的左部分。

for F in directory/input/*; do
sed '/^##FASTA$/,$d' "${F}" > "directory/output/${F##*/}.gff"
done