如何使用瓦尔斯坎三重奏呼叫器管道萨姆工具英里?

Question

我见过用varscan管道samtools，如下所示

samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp

但是如何为varscan三重奏管道管道

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 
-f ref.fasta 
dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup
#Run VarScan trio
varscan trio 
trio.mpileup  #this is input
trio.mpileup.output  #this is output
--min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05  
-adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

Answer 1

不知道varscan是否支持这个(甚至它是什么)，但请尝试

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 
-f ref.fasta 
dad.bam mom.bam child.bam |
varscan trio 
- 
trio.mpileup.output 
--min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05  
-adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

如果使用 Bash，则可以将-替换为/dev/stdinvarscan看起来应该像其他文件名一样。