在R中写入FASTA文件输出

Question

我正在尝试使用ClustalW执行多序列比对。代码有效，我可以在R中看到我的终端上的对齐。下面是我写的代码

library(BiocManager)
library(msa)
library(Biostrings)
mySequences <- readRNAStringSet("C:/Users/School EC/Desktop/MSA 
project/only_unaligned/no_recomb/1_unaligned.fasta")
mySequences
myClustalWAlignment <- msa(mySequences, "ClustalW")
myClustalWAlignment
library(seqinr)
write.fasta(sequences = myClustalWAlignment,names = 
names(myClustalWAlignment), file.out = "aligned_1.fasta", open = 
"w",nbchar = 60, as.string = FALSE)

但是，当我运行write.fasta函数时，我得到一个错误，状态为：

序列错误[(nbchar*q+1(：l]：类型为"S4"的对象不可附属

你能告诉我如何解决这个问题吗。当我检查存储所有内容的文件时；aligned_ 1"；在那里，但它是空的

Answer 1

我不太确定是什么导致了错误">序列错误[(nbchar*q+1(：l]：类型"S4"的对象不可附属"；我还没有弄清楚为什么写fasta文件的第一种方法不起作用。在运行我的比对后，我使用RNAStringSet将我的比对转换为用于存储的XStringset。然后，我使用Xstringset函数将输出(对齐(文件写入所需的格式fasta。

解决方案：

library(BiocManager)
library(msa)
library(Biostrings)
mySequences <- readRNAStringSet("C:/Users/School EC/Desktop/MSA 
project/only_unaligned/no_recomb/1_unaligned.fasta")
mySequences
myClustalWAlignment <- msa(mySequences, "ClustalW")
myClustalWAlignment
Clustal_A1<-RNAStringSet(myClustalWAlignment) 
Biostrings::writeXStringSet(Clustal_A1, "aligned_1.fasta")