将多个文本序列文件转换为r中的Fasta文件

Question

我有100个DNA序列文件是文本文件，我想转换成Fasta格式。我已经尝试过cat，但它没有给出预期的输出。如何在R中将这些文件转换为fasta格式?

的例子:

file1.txt
ATCTACGTACGTGCATG

file2.txt
CGTAGCATTGCATGATC

预期输出

file1.fa
>file1
ATCTACGTACGTGCATG

file2.fa
>file2
CGTAGCATTGCATGATC

Answer 1

我可以使用for循环，但我没有找到一个包或更简单的方法。

这个方法是有效的。

files1<-list.files(pattern = "*.txt")
for (i in 1:length(files1))
{
logFile = read.table(paste0(files1[i]))

write.table(rbind(paste0(">",files1[i]),logFile),paste0(files1[i],".fa"),row.names = FALSE,col.names = FALSE,quote = FALSE)

}