r-向集成的安全对象添加提供者级元数据

Question

我试图将患者级元数据添加到现有的Seurat对象。这包括每个参与者的生化信息，如血糖、HsCRP、BMI等。我如何将这些数据添加到我的Seurat对象中，以便它与每个参与者ID正确对齐?

我试着运行这个，它不工作:

library(Seurat)
#extract BMI into a numeric variable
BMI <- Donor_parameters$BMI
#add donor names to BMI
names(BMI) <- colnames(seurat_obj$Donor)
#Add metadata to existing object
seurat_obj <- AddMetaData(
object = seurat_obj,
metadata = BMI,
col.name = 'BMI')

Answer 1

Seurat对象中的元数据有多少行就有多少单元格。要看它是什么样子，你可以使用head(seurat_obj[[]])。请注意，如果对数据进行了过滤，则单元格的数量可能与原始原始数据中的数量不同，因此，如果对每个单元格都有额外的注释数据，则它可能与Seurat对象中的数据不匹配。

要添加的数据必须具有与Seurat元数据相同的row.names，通常是单元格条形码。如果条形码是附加数据中的一个变量，您可以这样做:

row.names(Donor_parameters) <- Donor_parameters$Barcode
seurat_obj <- AddMetaData(seurat_obj, metadata = Donor_parameters)

如果附加数据有一个标识变量(这里称为Pat_id)，该变量也存在于Seurat元数据中，您可以这样做:

library(dplyr)
add_data <- left_join(seurat_obj[["Pat_id"]], Donor_parameters)
row.names(add_data) <- row.names(seurat_obj[[]])
seurat_obj <- AddMetaData(seurat_obj, metadata = add_data)

一个玩具的例子:

library(dplyr)
library(Seurat)
# Data is from https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "temp/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")
pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data,
project = "pbmc3k", 
min.cells = 3, 
min.features = 200)
# Create a grouping variable
pbmc <- AddMetaData(pbmc,
metadata = sample(c("A", "B", "C"),
size = ncol(pbmc),
replace = TRUE),
col.name = "Group")
# Metadata for the groups
meta <- data.frame(Group = c("B", "A", "C"),
Desc = c("Second", "First", "Third"))
add_data <- left_join(pbmc[["Group"]], meta)
row.names(add_data) <- row.names(pbmc[[]])
pbmc <- AddMetaData(pbmc, metadata = add_data)