slurm job id的蛇形变量名是什么?

Question

当我使用--profile ./slurm在snakemake上运行作业时，我在标准输出中看到:

Submitted job 406 with external jobid '1956125'

在slurm/config.yaml我有:

cores: "all"
cluster: "sbatch --partition=mypartition -A myaccount  -t {resources.time_min} --mem={resources.mem_mb} -c {resources.cpus} -o slurm/logs/{jobid}.out -e slurm/logs/{jobid}.err --mail-type=FAIL --mail-user=mymail.edu --parsable"
default-resources: [cpus=1, mem_mb=2000, time_min=10080, parition=mypartition]
use-conda: true

这将写入日志文件，如406.err和我想要的是1956125.err

我该怎么做?

Answer 1

406是来自snakemaker的内部jobid。您需要从slurm获取外部jobid。

IIRC应该可以通过使用%j代替{jobid}:

cluster: "sbatch --partition=mypartition -A myaccount  -t {resources.time_min} --mem={resources.mem_mb} -c {resources.cpus} -o slurm/logs/%j.out -e slurm/logs/%j.err --mail-type=FAIL --mail-user=mymail.edu --parsable"

让我们知道它是否有效。