我如何将我的Python脚本传入Slurm sbatch?



我已经写了一个python脚本,我打算把它传递到我大学的Slurm sbatch系统上进行计算。我已经编写了一个简短的shell脚本,它应该只是将python脚本输入到sbatch系统中,但是我得到一个错误,说:

python: can't open file 'retrieve.py': [Errno 2]没有这样的文件或目录

我不知道该怎么做,即使在网上阅读了很多关于这个系统。python脚本和shell脚本位于同一个文件夹中,我的shell脚本现在只说以下内容:

#!/bin/bash
python retrieve.py

我打算添加更多必要的信息到脚本文件,一旦我知道它的工作,所以我只是希望一些帮助解决这个问题。谢谢!

我猜你没有走错目录。如果没有其他选项,Slurm作业将使用提交作业的目录作为工作目录。所以如果你从另一个文件夹提交,可能会有问题。

要开始调试,您可以在jobscript中放入一个ls(在python调用之前),或者执行一个echo $PWD以确保您在正确的目录中。

或者甚至使用sacct -j <JOBID> -o workdir获得工作目录(如果路径太长并且被切断,则添加-p)。

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