在Ubuntu中运行python3.8.2

Question

我正在尝试用Ubuntu20.4运行python2.8.2。我成功安装了python3.8.2和velocito，然后通过velocyto --help命令检查包是否已成功安装。

xxx@DESKTOP-39OCRLB:/usr/local/lib/python3.8$ velocyto --help

然而，由于我想在python3.8中使用velocito(而不是在Ubuntu终端中(，我通过：执行了python3.8

xxx@DESKTOP-39OCRLB:/usr/local/lib/python3.8$ python3.8
Python 3.8.2 (default, Apr  1 2021, 18:47:06) [GCC 9.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

我通过成功地导入了velocito，没有任何错误

import velocyto as vcy

但是当我运行velocyto --help时，我遇到了NameError。

velocyto --help

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'velocyto' is not defined

如何在python3.8(从Ubuntu(中正常运行velocito？

我感谢你事先的帮助。

Answer 1

您将其导入为vcy，而不是velocyto。但是，如果执行vcy --help，则会得到另一个NameError，说明help未定义，因为velocyto --help是一个shell命令，而不是Python命令。

你可以简单地继续使用它。例如，教程中说你可以试试这个：

vlm = vcy.VelocytoLoom("YourData.loom")

Answer 2

Python在>>>提示符处需要有效的Python语句。

显然，velocyto既为CLI提供了从shell执行的命令，也为Python代码提供了可以使用的Python库。

退出Python解释器，并在shell提示符下键入velocyto --help以使用CLI。

我不知道如何使用Python库，但它似乎有很好的文档记录。