在C++中写入hdf5文件会导致数据在某个时刻被截断

Question

考虑以下代码：

#include <H5Cpp.h>
#include <vector>
#include <eigen3/Eigen/Dense>
#include <iostream>
double* matrix_to_array(Eigen::MatrixXd const &input){
int const NX = input.rows();
int const NY = input.cols();
double *data = new double[NX*NY];
for(std::size_t i=0; i<NX; i++){
for(std::size_t j=0; j<NY; j++){
data[j+i*NX] = input(i,j);
}
}
return data;
}
int main() {
Eigen::MatrixXd data = Eigen::MatrixXd::Random(124, 4654);
data.fill(3);

H5::H5File file("data.hdf5", H5F_ACC_TRUNC);
hsize_t dimsf[2] = {data.rows(), data.cols()};
H5::DataSpace dataspace(2, dimsf);
H5::DataSet dataset = file.createDataSet("test_data_set", 
H5::PredType::NATIVE_DOUBLE,
dataspace);
auto data_arr = matrix_to_array(data);
dataset.write(data_arr, H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
delete[] data_arr;
}

它使用以下CMakeLists.txt编译得很好

cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
project(test)
find_package(HDF5 REQUIRED COMPONENTS C CXX)
include_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})
add_executable(hdf5 hdf5.cpp)
target_link_libraries(hdf5 ${HDF5_HL_LIBRARIES} ${HDF5_CXX_LIBRARIES} ${HDF5_LIBRARIES})

执行后，我认为一切都很好，但在运行以下python代码(bscly.只是逐行打印数据(时，

import h5py
import numpy as np
hf = h5py.File("build/data.hdf5", "r")
keys = list(hf.keys()) 
data_set = hf.get(keys[0]) 
data_set_np = np.array(data_set)
for row in data_set_np:
print(row)

我意识到，矩阵的前18000个左右条目被正确地写入了hdf5文件，而其他条目由于某种原因被设置为零。我在上面的C++代码中检查了data和data_arr，并且这两个矩阵的所有条目都设置为0，所以错误一定发生在写入hdf5文件的过程中。。。问题是，我不知道在哪里。我到底错过了什么？

Answer 1

经过一些尝试和查阅H5小组的例子，我开始工作了。

#include <iostream>
#include <string>
#include "H5Cpp.h"
#include <eigen3/Eigen/Dense>
using namespace H5;
int main (void){
const H5std_string  FILE_NAME( "data.h5" );
const H5std_string  DATASET_NAME( "DOUBLEArray" );
const int   NX = 123;                    // dataset dimensions
const int   NY = 4563;
const int   RANK = 2;
Eigen::MatrixXd data = Eigen::MatrixXd::Random(NX, NY);
int i, j;
double data_arr[NX][NY];          // buffer for data to write
for (j = 0; j < NX; j++)
{
for (i = 0; i < NY; i++)
data_arr[j][i] = data(j,i);
}
H5File file( FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC );
hsize_t     dimsf[2];              // dataset dimensions
dimsf[0] = NX;
dimsf[1] = NY;
DataSpace dataspace( RANK, dimsf );
/*
* Define datatype for the data in the file.
* We will store little endian DOUBLE numbers.
*/
FloatType datatype( PredType::NATIVE_DOUBLE );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );
DataSet dataset = file.createDataSet( DATASET_NAME, datatype, dataspace );
dataset.write( data_arr, PredType::NATIVE_DOUBLE );
}

据我所知，唯一改变的是我们在这里明确指定了元素的顺序，即

FloatType datatype( PredType::NATIVE_DOUBLE );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );

而在问题中我们只传递CCD_ 4作为自变量。我真的无法评论为什么或者这是否解决了问题。。。