我想知道是否可以对hdf5/cxi文件执行以下操作：
- 有一个外部h5文件，用于存储4D维度的numpy数组
- 有另一个cxi文件，其中高度要求添加组，该组将包含h5文件的外部链接数组
预计cxi会得到这样的东西：
Group1/subgroup {num, ExternalLink to h5 file}
其中num是所需的链接数组的长度。
我试着做：
import h5py as h5
import numpy as np
h5_file = sys.argv[1]
h5path = sys.argv[2]
cxi_file = sys.argv[3]
cxi_path = sys.argv[4]
num = sys.argv[5]
link = h5.ExternalLink(h5_file, h5path)
l = np.array([link] * num)
with h5.File(cxi_file, 'a') as f:
dset = f.create_dataset(cxi_path, (num,))
for i in range(num):
dset[i] = l[i]
但它没有起作用。我还尝试了dset = f.create_dataset(path_to_new_mask,data=l)，并列出了这个长度为num的文件，但所有这些步骤都失败了。
如果有人能帮忙，我会非常高兴的。
kitsune_breeze，我回顾了问答；A和评论。有几个领域需要澄清。让我们从外部链接与对象或区域引用开始。据我所知，您希望创建外部链接的数据集(也称为数组((每个链接引用不同的HDF5文件(。
Mahsa Hassankashi在4月19日给出的答案描述了如何创建dtype=h5py.ref_dtype或dtype=h5py.regionref_dtype的数据集。第一个是对象引用，第二个是区域引用。它们与外部链接不同！此外，示例代码需要h5py 2.10.0，而您使用的是h5py 2.9.0.。(仅供参考，如果您选择使用对象或区域引用，2.9.0中有一个解决方案。(
坏消息是：根据我的测试，您无法创建HDF5外部链接的数据集(或np数组(。以下是查看原因的步骤：
In [1]: import h5py
In [2]: h5fw = h5py.File('SO_61290760.h5',mode='w')
# create an external link object
In [3]: link_obj = h5py.ExternalLink('file1.h5','/')
In [4]: type(link_obj)
Out[4]: h5py._hl.group.ExternalLink
In [5]: link_dtype = type(link_obj)
In [6]: h5fw.create_dataset("MyRefs", (10,), dtype=link_dtype)
Traceback (most recent call last):
...
TypeError: Object dtype dtype('O') has no native HDF5 equivalent
阅读h5py文档，对象和区域引用似乎也是dtype('O')数据类型，并且需要额外的元数据来实现它们。没有提到这是为外部链接做的。因此，我认为您无法创建一个外部链接数组(因为没有数据类型来支持它们(。
也就是说，你仍然可以创建从一个HDF5文件到多个HDF5的外部链接。这里有一个简单的例子(参见方法1：创建外部链接(
如何组合多个.h5文件？
如果您决定使用对象或区域引用，则需要在h5py 2.9.0中使用不同的数据类型规范。
对象引用：
2.10.0使用：h5py.ref_dtype
2.9.0使用：h5py.special_dtype(ref=h5py.Reference)
区域引用:
2.10.0使用：h5py.regionref_dtype
2.9.0使用:h5py.special_dtype(ref=h5py.RegionReference)
下面的代码演示2.9.0:中的行为
In [9]: type(h5py.ref_dtype)
Traceback (most recent call last):
...
AttributeError: module 'h5py' has no attribute 'ref_dtype'
In [10]: type(h5py.special_dtype(ref=h5py.Reference))
Out[10]: numpy.dtype
In [11]: type(h5py.regionref_dtype)
Traceback (most recent call last):
...
AttributeError: module 'h5py' has no attribute 'regionref_dtype'
In [12]: type(h5py.special_dtype(ref=h5py.RegionReference))
Out[12]: numpy.dtype
In [13]: dset = h5fw.create_dataset("MyRefs", (10,), dtype=h5py.special_dtype(ref=h5py.Reference))
In [14]: dset.dtype
Out[14]: dtype('O')
试试
myfile = h5py.File('foo.hdf5','w')
myfile['ext link'] = h5py.ExternalLink("otherfile.hdf5", "/path/to/resource")
dset = f.create_dataset("MyRefs", (100,), dtype=h5py.ref_dtype)
或者：
dset = f.create_dataset("ref", (2,), dtype=h5py.regionref_dtype)
- http://docs.h5py.org/en/stable/refs.html#storing-数据集中的引用
- http://docs.h5py.org/en/latest/high/group.html#external-链接