为什么xarray在加载时会将随机数引入NetCDF4文件中的变量

Question

问题：

我创建了一个NetCDF4文件，当使用xarray打开该文件时，会向感兴趣的变量引入高值，并且内核不断崩溃。当加载到MATLAB中时，我没有看到高值，这表明NetCDF4文件和xarray之间可能存在不兼容问题？

我就是这么做的：

我首先创建了一个NetCDF4文件，其中包括我感兴趣的变量：

from netCDF4 import Dataset
import numpy as np
import xarray as xr
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Create data
data_2_save = np.squeeze(np.float32(np.zeros([6,29947])))
data_2_save[0,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[1,1010:27310] = np.nan; 
data_2_save[2,1050:27350] = np.nan; 
data_2_save[3,1000:27300] = np.nan; 
data_2_save[4,900:27300] = np.nan; 
data_2_save[5,100:27300] = np.nan; 
# time range
t = np.float32(range(-2921,27026,1))
# for other dimension
d = np.arange(1,7)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create NetCDF4 file
filename = 'test.nc'
dataset = Dataset(filename, 'w',  format='NETCDF4_CLASSIC') 
fillvalue = 999999
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# define dimensions
TIME_DIM = dataset.createDimension('TIME', None)
D_DIM = dataset.createDimension('D', np.size(d))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# create variables
TIME = dataset.createVariable('TIME', np.float32, ('TIME',)) 
D = dataset.createVariable('D', np.int32, ('D',))
VAR = dataset.createVariable('VARIABLE', np.float32, ('TIME','D'), 
fill_value=fillvalue)
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# VAR
VAR.long_name = 'name'
VAR.valid_max = np.float32(np.nanmax(data_2_save))
VAR.valid_min = np.float32(np.nanmin(data_2_save))
VAR.coordinates = 'TIME D'
VAR.comment = ('A comment goes here')
# Time
time_unit_out= "days since 1950-01-01 00:00:00 UTC"
TIME.units = time_unit_out
TIME.long_name = 'analysis time'
TIME.standard_name = 'time'
TIME.valid_max = np.nanmax(t)
TIME.valid_min = np.nanmin(t)
TIME.axis = 'T'
TIME.calendar = 'gregorian'
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# D
D.standard_name = 'D'
D.valid_max = np.int32(np.round(np.nanmax(d)))
D.valid_min = np.int32(np.round(np.nanmin(d)))
#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# Save data into NetCDF
TIME[:] = t
D[:] = np.ndarray.tolist(d)
VAR[:] =np.transpose(data_2_save)
dataset.close()# and the file is written

然后我稍后加载文件并绘制如下：

import xarray as xr
data = xr.open_dataset('test.nc')
data.VARIABLE[:,1].plot()

然后要么内核崩溃，要么生成一个图。每次都会产生不同的情节，随机数字与我的预期(0.，nan(一起绘制。这些随机数可以是=~20000，>e+38并且有时＝0。这些随机数往往位于变量数组的末尾，这里应该有NaN。有时不引入随机数。

我尝试过以下操作：

• '附件更新--全部'
• 在NetCDF4文件中创建变量时，尝试使用"np.int32"、"np.foat64"、"float">
• 创建NETCDF4文件时，将格式从"NETCDF-CLASSIC"更改为"NETCDF4">

版本

• Python 3.9
• 阵列0.20.1
• matplotlib 3.5.1
• netcdf4 1.5.7
• 数字1.21.5

由于使用pip和conda安装软件包时出现问题，我最近重新安装了Anaconda和软件包。

我已经用Spyder和Jupyter Notebook尝试过了，当两者都使用时就会发生这种情况。

Answer 1

我决定使用xarray而不是netCDF4包制作NetCDF文件。问题不再出现。