r-将矩阵列表转换为以row.names作为列表名称的data.frame

Question

我有一个名为list1的矩阵列表，其结构如下：

$ENSLAFT00000000003
start end
[1,]   360 360
[2,]   394 394
$ENSLAFT00000000011
start end
[1,]    15  15
$ENSLAFT00000000020
start end
[1,]    45  45
$ENSLAFT00000000023
start end
$ENSLAFT00000000024
start  end
[1,]    13   13
[2,]   369  369
[3,]   602  602
[4,]   775  775
[5,]   983  983
[6,]  1200 1200
[7,]  1491 1491

有些项目是空的，但我想将此列表转换为具有两列和以下结构的data.frame：

ID                         pos
ENSLAFT00000000003         360
ENSLAFT00000000003         394
ENSLAFT00000000011          15
ENSLAFT00000000020          45
ENSLAFT00000000024          13
ENSLAFT00000000024         369
ENSLAFT00000000024         602
ENSLAFT00000000024         775
ENSLAFT00000000024         983
ENSLAFT00000000024        1200
ENSLAFT00000000024        1491 

ENSLAFT00000000023在输出中被省略，因为它在初始列表中是一个空矩阵。

我可以通过使用在一定程度上获得所需的结构，但不需要保留行名标识

as.data.frame(do.call(rbind, e)[,1])

但我仍然缺乏保留所需的行名。

你对在R中进行这种数据转换有什么建议吗？

向致以最良好的问候

Answer 1

我们通过在list和stack上循环提取'start'元素，将其提取为两列数据帧

out <- stack(lapply(lst1, (x) {
st <- x[,"start"]
if(length(st) == 0) st <- NA_real_
st
}))[2:1]
names(out) <- c("ID", "pos")

Answer 2

这里有一个tidyverse选项：

library(tidyverse)
map(list1, ~ select(as.data.frame(.x), start)) %>%
enframe %>%
unnest(value,keep_empty = TRUE)

输出

name               start
<chr>              <dbl>
1 ENSLAFT00000000003   360
2 ENSLAFT00000000003   360
3 ENSLAFT00000000011    15
4 ENSLAFT00000000023    NA

数据

list1 <- list(ENSLAFT00000000003 = structure(c(360, 360, 394, 394), .Dim = c(2L, 
2L), .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))), ENSLAFT00000000011 = structure(c(15, 
15), .Dim = 1:2, .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))), 
ENSLAFT00000000023 = structure(logical(0), .Dim = c(0L, 2L
), .Dimnames = list(NULL, c("start", "end"))))

Answer 3

另一个可能的解决方案，基于purrr::imap_dfr(我正在使用@AndrewGillreath Brown的数据，我感谢他(：

library(tidyverse)
imap_dfr(l, ~ bind_cols(ID = .y, pos = if (nrow(.x) == 0) NA else .x[,"start"]))
#> # A tibble: 4 × 2
#>   ID                   pos
#>   <chr>              <dbl>
#> 1 ENSLAFT00000000003   360
#> 2 ENSLAFT00000000003   360
#> 3 ENSLAFT00000000011    15
#> 4 ENSLAFT00000000023    NA