r语言 - 在二项GLMM中，我如何在模型输出中包含所有级别?

Question

我对这个有点陌生，所以请不要告诉我，但基本上我目前正在运行这个模型:

fit.glmm_A_B_C_D = glmer(cbind(success, failure) ~ treatment_letter + (1|trial_rep), family = binomial, data=Con_GLMM_A_B_C_D_Data)

在这个模型中，我的固定因子(治疗字母)有4个级别:治疗A, B, C和D.每个治疗在我的数据中有12个受试者，所以一切都是平衡的。我对模型输出有问题，因为当我要求模型摘要时，它只向我显示截距，处理B，处理C和处理D。下面是输出:

AIC      BIC   logLik deviance df.resid 
136.1    145.5    -63.1    126.1       43 
Random effects:
Groups    Name        Variance Std.Dev.
trial_rep (Intercept) 0        0       
Number of obs: 48, groups:  trial_rep, 12
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)   
(Intercept)         0.5390     0.2746   1.963  0.04965 * 
treatment_letterB  -1.1054     0.3874  -2.854  0.00432 **
treatment_letterC   0.1788     0.3870   0.462  0.64401   
treatment_letterD  -0.1335     0.3888  -0.343  0.73125   
Correlation of Fixed Effects:
(Intr) trtm_B trtm_C
trtmnt_lttB -0.709              
trtmnt_lttC -0.709  0.503       
trtmnt_lttD -0.706  0.501  0.501
convergence code: 0
boundary (singular) fit: see ?isSingular

我如何让模型在输出中显示治疗A ?谢谢!

Answer 1

您可以使用emmeans包，其语法如下:

fit.glmm_A_B_C_D_MainEffect <- emmeans(fit.glmm_A_B_C_D, "treatment_letter", type = "response")

这将为数据尺度(从logit尺度向后转换)上处理的过参数化模型的主要影响提供平均概率和不确定性估计。