使用Convert读取R中的.h5ad文件

Question

我正在尝试读取RStudio中的.h5ad文件。

我首先使用library(SeuratDisk)中的Convert()函数将.h5ad文件转换为.h5Surat文件。

我尝试的代码可以在这里找到：

> library(Seurat)
> library(SeuratDisk)
> Convert("train.h5ad", "train.h5Seurat")
Warning: Unknown file type: h5ad
Warning: 'assay' not set, setting to 'RNA'
Creating h5Seurat file for version 3.1.5.9900
Adding X as data
Adding X as counts
Adding meta.features from var
Adding X_Compartment_tSNE as cell embeddings for Compartment_tSNE
Adding X_tSNE as cell embeddings for tSNE
Adding layer counts as data in assay counts
Adding layer counts as counts in assay counts
> train_seurat <- LoadH5Seurat("train.h5Seurat")
Validating h5Seurat file
Error: Ambiguous assays

我试图读取的数据可以在这里找到：https://drive.google.com/drive/folders/1cXYoKNU9qY0f1bbYNh2uykWG6juVJln7

此外，我尝试过：

> train_seurat <- LoadH5Seurat("train.h5Seurat", assays = "RNA")

但我也面临同样的问题。试图快速找到东西。

Answer 1

请尝试anndata库，但请注意，数据类型不会像您希望的那样是seurat。它将是一个anndata类对象。