r-以时间相关生存格式格式化重复的日期数据

Question

参考以下R中的时间依赖性生存手册：

https://cran.r-project.org/web/packages/survival/vignettes/timedep.pdf

从渐晕的例子来看：

subject time1 time2 death creatinine
5       0     90    0     0.9
5       90    120   0     1.5
5       120   185   1     1.2

我的数据格式如下：

dd-mm-yyyy格式

subject date           death creatinine
5       01-01-2022     0     0.9
5       01-04-2022     0     1.5
5       01-05-2022     0     1.2
5        05-07-2022     1     1.2

我需要格式化下面的数据以匹配上面的数据。

Answer 1

如果没有更多信息，就无法在最后一行填写time2。在单个事件数据中，如果个人有该事件(如您的示例(，则最后一行中的time2值通常是该事件(在最后一行(的时间。对于那些没有事件的人来说，time2可能是该个体观察结束的时间。

因此，排除每个subject的最终time2值，您可以执行类似的操作

library(dplyr)
df %>% 
# change date to Date using as.Date()
mutate(date=as.Date(date,"%d-%m-%y")) %>% 
# arrange the rows by date
arrange(date) %>% 
# group by subject
group_by(subject) %>% 
# for each subject, create time2 and time1
mutate(
time2 = as.numeric(lead(date)-min(date)-1),
time1 = lag(time2), 
time1 = if_else(row_number()==1, 0, time1)
) %>% 
ungroup() %>% 
# move time1 next to time2
relocate(time1,.before = time2)

输出：

subject date       death creatinine time1 time2
<int> <date>     <int>      <dbl> <dbl> <dbl>
1       5 2020-01-01     0        0.9     0    90
2       5 2020-04-01     0        1.5    90   120
3       5 2020-05-01     1        1.2   120    NA