当我用这个代码(glment Rpackage(分析我的数据时,遇到了这个错误:
lasso_fit<-cv.glmnet(x,y,家族="x",类型测量="偏差"(响应错误。coxnet(y(:遇到的负面事件次数;Cox家族不允许
这是我的代码
x <- as.matrix(survival_cancer[,gsub(resSigAll@rownames, pattern = '-', replacement = '_')])
y <- survival_cancer[,c('overall_survival', 'censoring_status')]
names(y) <- c('time', 'status')
y$time <- as.double(y$time)
y$status <- as.double(y$status)
y <- as.matrix(survival::Surv(y$time, y$status))
lasso_fit <- cv.glmnet(x, y, family='cox', type.measure = 'deviance')
x 的数据类型
gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 gene10 gene11
sample1
sample2
sample3
sample4
sample5
sample6
sample7
sample
sample
y的类型:
time status
100 0
90 1
我不知道问题出在哪里?
错误消息是从写在https://github.com/jeffwong/glmnet/blob/master/R/coxnet.R.
请检查时间结果变量的总和是否小于0,或者向量本身是否有条目=0。