对于某些上下文，我试图将多个名为FILENAME.xxx.xyz(xxx从001开始，增加1(的文件(以有序的方式(组合为一个文件(表示为$COMBINED_file(，然后替换$COMBINDE_file中的多行文本，从另一个文件中获取值(名为$ACTFILE(。我有两个for循环来做这件事，效果非常好。然而，当我有更多的文件时，这个过程往往需要相当长的时间。因此，我想知道是否有人对如何加快这一进程有任何想法？
步骤1:
for i in {001..999}; do
[[ ! -f ${FILENAME}.${i}.xyz ]] && break
cat ${FILENAME}.${i}.xyz >> ${COMBINED_FILE}
mv -f ${FILENAME}.${i}.xyz ${XYZDIR}/${JOB_BASENAME}_${i}.xyz
done
步骤2:
for ((j=0; j<=${NUM_CONF}; j++)); do
let "n = 2 + (${j} * ${LINES_PER_CONF})"
let "m = ${j} + 1"
ENERGY=$(awk -v NUM=$m 'NR==NUM { print $2 }' $ACTFILE)
sed -i "${n}s/.*/${ENERGY}/" ${COMBINED_FILE}
done
我忘了提一下：还有其他名为FILENAME.*.xyz的文件，我不想将其附加到$COMBID_FILE
有关文件的一些详细信息：
FILENAME.xxx.xyz是以下形式的分子xyz文件：第1行：原子数第2行：标题第3行原子数：分子坐标行(原子数+1(：与行1相同行(原子数+2(：标题2…继续(其中第1行至原子数与构象异构体1相关，依此类推(
ACT文件是一个包含能量的文件，其形式为：第1行：conformer1能源第2行：conformer2 Energy2其中former1在第1列，能量在第2列。
目标是使符合者的能量成为组合文件中的标题(其中能量必须是特定符合者的标题(
如果您知道至少存在一个匹配的文件，您应该能够做到这一点：
cat -- ${FILENAME}.[0-9][0-9][0-9].xyz > ${COMBINED_FILE}
请注意，这将与000文件匹配，而您的脚本从001开始计数。如果你知道000不存在，或者如果它存在的话就不是问题，那么你应该能够做到以上几点。
但是，将这些文件移动到另一个目录中的重命名名称中确实需要一个循环，或者一个不太可移植的基于模式的重命名实用程序。
如果你可以更改你的工作流程以保留文件名，它可能只是：
mv -- ${FILENAME}.[0-9][0-9][0-9].xyz ${XYZDIR}/${JOB_BASENAME}
其中，我们现在有一个以作业基本名称命名的目录，而不是路径组件片段。
步骤2的处理应该完全在Awk中实现，而不是shell循环；您可以将文件读取到按行号索引的关联数组中，并对其进行随机访问。
Awk也可以接受多个文件，因此以下模式可能适用于处理单个文件：
awk 'your program' ${FILENAME}.[0-9][0-9][0-9].xyz
例如，就在将它们连接起来并移开之前。那么您就不必依赖于一个固定的LINES_PER_FILE等等。Awk具有FNR变量，该变量是当前文件中的记录；条件/操作对可以判断处理何时转移到下一个文件。
GNU Awk还有扩展名BEGINFILE和ENDFILE，它们类似于标准BEGIN和END，但围绕每个处理过的文件执行；您可以对记录进行一些计算，并在ENDFILE中打印该文件的结果，并为下一个文件清除累积变量。这比检查FNR == 1、和对最后一个文件执行END操作要好。
如果你真的想在不使用globbing的情况下实现所有文件名，你可以始终使用jotit(在使用科学表示法之前，它就像默认模式下有更多整数位数的seq(：
jot -w 'myFILENAME.%03d' - 0 999 | mawk '_<(_+=(NR == +_)*__)' _=17 __=91 # extracting fixed interval # samples without modulo(%) math