r-在Python中运行lmer(线性混合效果回归)

Question

我想问一些关于在Python中运行lmer(线性混合效果回归(模型的问题。

以下是我在lme4包(R中(中运行的两行(或公式(。有什么方法可以在Python中拟合下面的模型吗？

1. TEST1 <- score ~ p1 + p2 + p3 + (1|v1) + (1|v2), data = df, control = lmerControl(boundary.tol = 1e-4, calc.derivs = FALSE))
2. TEST2 <- score ~ (1|v1) + (1|v2), data = df, control = lmerControl(boundary.tol = 1e-4, calc.derivs = FALSE))

Answer 1

如果不需要在Python中实际运行模型，可以直接从Python环境中调用并运行R中的LMER模型。

你可以通过Rpy2&rmagic或通过Pymer4。这两个选项都允许您使用R中的lme4包，并可以从jupyter笔记本等Python环境中调用它们。

我写了一个教程，介绍如何使用此处提供的示例来做到这一点：https://towardsdatascience.com/how-to-run-linear-mixed-effects-models-in-python-jupyter-notebooks-4f8079c4b589

正如EJJ所指出的，在Python中有LMER的实现，例如在statsmodels和Tensorflow中，但它们的使用似乎不如上述方法直观。