在scRNA分析中强制"拼凑"到"dgCMatrix"，使用修拉，标准化步骤获得错误" 没有方法或默认值

Question

我有一个包含10名健康对照和17名患者的scRNA数据集。我正在做比较分析。我做了以下事情：

1. 为10个健康对照组创建了10个seurat对象，并将它们合并以创建一个(健康(
2. 为17名患者创建了17个seurat对象，并将它们合并以创建一个(患者(
3. 创建了两个对象的列表：data<-列表(健康，患者(
4. 规范化数据：

   data <- lapply(data, function(x) {
   x <- NormalizeData(x)
   x <- FindVariableFeatures(x, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
   })
   

I am getting the following error:
Error in as(object = data, Class = "dgCMatrix") : no method or default for coercing “patchwork” to “dgCMatrix” 

Please help

Answer 1

经过一番尝试和错误之后，我能够在lapply函数之前运行这行代码来重现您的错误：

data <- list(p1 + p2 , p2)

其中p1和p2是ggplot对象。

在我看来，在您的数据列表中没有Seurat对象。您应该检查用于生成seurat对象列表的代码中是否有任何错误。

我希望这能有所帮助：(