"wget" Blobtool 教程中的命令问题

Question

我学习了一个教程(https://blobtoolkit.genomehubs.org/install/)基于2。获取nt数据库跟踪

第一步1。mkdir -p nt(我已经完成了那个部分(

第二步2。

wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.??.tar.gz" -P nt/ && 
for file in nt/*.tar.gz; 
do tar xf $file -C nt && rm $file; 
done

如果我复制并粘贴第二步命令，它将不起作用，也许我不确定是什么

&& 
for file in nt/*.tar.gz; 
do tar xf $file -C nt && rm $file; 
done

意思是，所以我试着使用

wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt/*.tar.gz"

首先，但我收到了以下错误消息：

Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... 130.14.250.13, 2607:f220:41e:250::13, 2607:f220:41e:250::11, ...
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|130.14.250.13|:21... failed: Connection refused.
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::13|:21... failed: Network is unreachable.
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::11|:21... failed: Network is unreachable.
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::10|:21... failed: Network is unreachable.
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::12|:21... failed: Network is unreachable.
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::7|:21... failed: Network is unreachable.

知道问题出在哪里吗？如何调整我的第二步命令下载数据库，请告诉我，谢谢。

Answer 1

通配符。http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt/*.tar.gz解析ftp.ncbi.nlm.nih.gov(ftp.ncbi.nlm.ni.gov(

主机看起来像ftp服务器。你不应该用http请求它。应该是wget ftp://ftp.ncbi....而不是

我似乎找不到你链接的教程中哪里有wget http://ftp...命令在你引用的命令之前(2。获取nt数据库(是一个curl命令，使用ftp。

也许可以编辑这个问题，在文档中它告诉你做你做过的事情，我可以仔细看看。

编辑：首先尝试这个：wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov"。这是一个更简单的命令。它应该告诉你你是以匿名身份登录的。

如果问题中有更多信息，我尝试了给出的两个命令。第一个对我来说是开箱即用的。我得到了以下输出：

wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.??.tar.gz" -P nt/ &&  for file in nt/*.tar.gz;  do tar xf $file -C nt && rm $file;  done
--2020-11-15 13:16:30--  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.??.tar.gz
=> ‘nt/.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... 2607:f220:41e:250::13, 2607:f220:41e:250::10, 2607:f220:41e:250::11, ...
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::13|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done.    ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done.  ==> CWD (1) /blast/db ... done.
==> EPSV ... done.    ==> LIST ... done.
.listing                [ <=>                ]  43.51K   224KB/s    in 0.2s    
2020-11-15 13:16:32 (224 KB/s) - ‘nt/.listing’ saved [44552]
Removed ‘nt/.listing’.
--2020-11-15 13:16:32--  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.00.tar.gz
=> ‘nt/nt.00.tar.gz’
==> CWD not required.
==> EPSV ... done.    ==> RETR nt.00.tar.gz ... done.
Length: 3937869770 (3.7G)
nt.00.tar.gz          3%[                    ] 133.87M  10.2MB/s    eta 8m 31s

第二个似乎也起作用。可能是某个地方的文件路径有错别字，但没什么大不了的。

wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt/*.tar.gz"
--2020-11-15 13:17:14--  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt/*.tar.gz
=> ‘.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... 2607:f220:41e:250::10, 2607:f220:41e:250::11, 2607:f220:41e:250::7, ...
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|2607:f220:41e:250::10|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done.    ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done.  ==> CWD (1) /blast/db/nt ... 
No such directory ‘blast/db/nt’.

关于&&和，它们只是句法糖。&&的意思是"one_answers"，允许您将多个命令链接到一个命令中。的意思是新行，因此您可以在命令行中写入新行，而无需像按enter键那样处理。这两者都不是你问题的根源。

你遇到的错误似乎与实际命令无关，更多的是与网络有关。也许你在防火墙或代理服务器后面。我会在不同的WIFI网络上尝试这些命令。或者，如果你知道如何禁用路由器上的防火墙设置(我不知道(，试着摆弄一下。