blastpgp不产生输出文件，不确定是否正确使用数据库标志

Question

问题1:

我正在运行以下命令:

blast-2.2.26/bin/blastpgp -i protein.fasta -j 5 -o file -d nr

蛋白质。Fasta是包含单个蛋白质序列的Fasta文件。这将不产生任何输出，并且-o文件为空。

问题2:

我可以成功地使用:

blast-2.2.26/bin/formatdb -i family_of_proteins.fas -o T -s T

创建数据库文件。但是，这会生成多个文件:.phr、。pin、。psd、。psi、。psq。我应该用-d标志传递其中的哪一个来使用我自己的数据库?

谢谢!

Answer 1

第二题:

您应该传递带有-d标志的基名，因此在您的示例中，它将是"-d family_of_proteins.fas"