我无法将整洁的knitter包与代码块一起使用。
基本上只有少数情况下，它可以很好地解释它们，但大多数情况下，块不会被识别出来。即:
- 在RStudio中运行markdown只会在文件保存之前渲染块。如果文件已经保存，那么它将显示如下代码:没有R输出。
- 我也尝试使用
knitr从LyX，这提出了其他问题。最简单的例子knitr.lyx被正确地呈现为pdf，而不是html。使用更复杂的文档，比如RJournal模板会显示其他错误。Rscript --verbose --no-save --no-restore
起初我认为这与我的Rstudio安装有关，但现在我不再那么确定了。
顺便说一下，我使用的是Ubuntu 15.04，我使用的文件是文档中的示例:
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Rstudio> New File> Rmarkdown…仅在保存之前呈现R输出。
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knitr's manual in LyX from Github repo
我找到了答案。
这是很明显的，但如果你不知道，很容易忽视。
问题是用错误的扩展名保存文件。如果你正在使用R代码块，你需要在Rstudio中扩展.Rmd。
当我开始markdown时，我使用.md。Pfff。