r语言 - Package Limma -对比矩阵微分表达式

Question

我正在使用limma来分析差异基因表达。为了建模，你需要一个设计和对比矩阵。我只是想知道是否有人有过这样的经历。

假设表达来自野生型(WT)和突变体(M)，这些突变体要么是受刺激的(S)，要么是未受刺激的(you)。对于野生型我有40个表达式值，对于突变型我有20个表达式值。

所以当我想知道哪些基因在突变型和野生型中反应不同时，我应该使用哪个公式作为对比矩阵:

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

确定突变型和野生型中反应不同的基因的对比可以是:

makeContrasts('WT - M')

，其中M分别表示受刺激和未受刺激的突变细胞。但是，我怀疑，您可能想要这样的内容:

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

，这将突出WT和突变细胞之间的变化。