r语言 - 热图尺度= "row"给出 hclust(d， 方法 = method) 中的错误：外来函数调用中的 NA/NaN/Inf

Question

我试图用r中的包热图创建一个带有基因表达值的热图。我已经多次使用该代码，直到今天才出现问题。当我做scale="行"时，我最终会出现这个错误。我无法创建z分数。所以可能有些行没有可变性，这就发生了。我怎么才能摆脱这个。这个矩阵有1100行9列。我的代码:

data  <- read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="t")
data2 <- as.matrix(data[,2:9])
data3 <- data2[-1,]
samples <- data2[1,]
genes <- data[2:length(data2[,1]),1]
vett <- as.numeric(data3)
data4 <- matrix(vett, length(genes), length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples))) 
head(data4)
pheatmap(as.matrix(data4), col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,
    density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row=8, fontsize_col=10)

hclust(d, method = method)错误:NA/NaN/Inf外部函数调用(arg 11)

我怎样才能消除这个错误?

Answer 1

我其实算出来了。在执行z分数计算时，我必须删除没有SD出现的行，并重建热图。由于

Answer 2

您可以在数据框中拥有所有具有0值的行